Depois de milhões de anos escondida, a cidade de Atlantis está sofrendo um ataque inimigo. Seu dever em Defend Atlantis é proteger a cidade desta invasão, utilizando a tecnologia disponibilizada pelo governo de Atlantis.
O equipamento de defesa de última geração que foi disponibilizado para seu uso é raio de bolhas que envolve os inimigos em bolhas e os leva para longe da cidade. Seu dever é desenhar bolhas ao redor dos inimigo para que eles não consigam atacar.
O game é todo controlado com o mouse, e é com ele que você vai desenhar as bolhas. As bolhas possuem um tamanho máximo para que você não resolva trapacear englobando todos os itens em uma só. Portanto se você desenhar uma e ela não se formar de verdade, desenhe uma menor.
Entre as ameaças que estarão se aproximando da cidade estão barris de lixo tóxico e mergulhadores. Eles estarão sempre se movendo para dificultar a sua tarefa. Tente prever para qual direção eles estão indo, e desenhe a bolha de modo que nenhuma parte do objeto fique de fora.
Para lhe ajudar, o departamento de pesquisa e desenvolvimento da cidade está buscando aprimorar este sistema de bolhas. As melhorias serão implantadas rapidamente a cada fase completada. No total são seis fases de jogo, cada uma durando dois minutos.
Entre as melhorias desenvolvidas podem estar a ampliação do tamanho das bolhas ou até mesmo bolhas de metal que fazem com que o inimigo rebata contra os outros.
No canto inferior direito da tela você poderá visualizar quanto de vida a cidade ainda apresenta. Quanto mais itens chegarem até ela, mais vazia a barra de status ficará. Lembre-se que se ela zerar, o jogo acaba.
Os gráficos de Defend Atlantis são bastante simples, sem muitas inovações, porém muito bem feitos. A trilha sonora é de boa qualidade, porém sendo um pouco enjoativa para o gamer.
O jogo faz referência a lenda de Atlântida, um continente ou ilha cuja localização nunca foi confirmada ou comprovada pelos homens. Entre as lendas que giram em torno do local, algumas dizem que ele desapareceu por causa do dilúvio ou mesmo de transformaçãos geográficas e geológicas.