Outra grande diferença que aumenta o desafio do jogo em relação ao Ultimate Ninja anterior são as condições necessárias que o jogador deve respeitar para conseguir vitória na etapa. Muitas vezes, somente vencer a batalha não é garantia de sucesso na fase. Às vezes, deve-se finalizar o combate utilizando uma certa técnica secreta ou manter uma certa quantidade de vida especificada anteriormente, por exemplo.
Não só recompensas do jogo podem ser obtidas depois de vários desafios árduos. Lutando, o jogador consegue dominar habilidades extremamente importantes utilizadas nos games de luta. Reflexos, criatividade nos golpes e interação com o cenário são quesitos relevantes para lutar sabiamente.


