Embora seja baseado no filme de mesmo nome, Spider-Man 3 não se atém totalmente à história deste. A maior parte das missões, ao invés disso, envolve a caça aos criminosos locais ou vilões dos quadrinhos, como Scorpion e o Rei do Crime. No entanto, é óbvio que as memoráveis batalhas do filme são relembradas no decorrer do jogo, como a luta contra o Homem-Areia e Venom.
Como um bom combatente do crime, enfim, o Homem-Aranha tem a obrigação de efetivamente combater o crime, mesmo quando se trata de um peixe pequeno — como a cidade de Nova Iorque está infestada deles, há sempre um criminoso à solta precisando de uma boa lição. Embora algumas das missões principais envolvam cuidar diretamente de determinada gangue ou vilão, é possível varrer gradativamente o crime da cidade; basta ver as áreas demarcadas no mapa e ficar atento a possíveis crimes acontecendo nestas.
mecânica funciona e é interessante, mas pouco útil quando há mais de um adversário em combate. A estratégia mais sensata neste caso é acertar alguns golpes e sair do meio da bagunça, utilizando os poderes do aranha para acabar com os inimigos um a um — as teias do super-herói podem ser usadas para prender os criminosos por alguns segundos, puxá-los para perto ou arremessá-los. Leva um tempo até se acostumar com a mecânica — e também com os bugs que assolam o sistema — no entanto, tudo acaba se tornando sistemático após algum tempo.
A modelagem dos personagens é interessante e os efeitos de luz agem apropriadamente sobre eles. Mas o mesmo não pode ser dito da cidade; embora ela seja gigantesca e até bonita quando vista como um todo, é composta por elementos pobres em detalhes. Felizmente o jogador passa a maior parte do tempo agarrado a uma teia, voando de forma veloz por entre os arranha-céus; a sensação de velocidade é esboçada através de um efeito que disfarça a falta de detalhes dos edifícios e do asfalto, por exemplo.


